La reforma protestant arriba aviat als Països Catalans. El 1519, obres de Luter circulen entre els agermanats revoltats, el 1521 el bisbe de Tortosa Adrià d'Utrecht prohibeix els llibres luterans i el mallorquí Jaume d'Olesa envia a Lleó X 'Contra errores Martini Lutheri', primera obra antiluterana al sud dels Pirineus. El 4 de desembre de 1523, el tribunal de la Inquisició crema viu el pintor Gondisalvi, a Palma, per "heretge luterà negatiu", cinc mesos després que H. Voes i J. van Eschen, primers màrtirs del protestantisme, fossin cremats a Brussel·les. A Barcelona, el primer gran acte de fe té lloc el 1539, a partir del qual occitans i francesos sospitosos de ser protestants sovintejaran els tribunals inquisitorials. Però els primers nuclis reals es troben al País Valencià, cap als anys cinquanta, a l'entorn del noble Gaspar de Centelles i Segimon Arquer, víctimes de la Inquisició, que parlen de qüestions religioses amb Jeroni Conques. Hi ha un altre focus a la cartoixa de Porta Coeli, amb els priors Miquel Vera i Joan Bellot, i a Morella, amb Miquel Ença i Gaspar Querol.

La nova fe entra al país per la frontera terrestre i marítima, el comerç, la immigració occitana i francesa, les estades a l'estranger i el comerç clandestí de llibres. Del segle XVI al XIX, l'exili serà l'únic refugi per viure aquesta fe amb normalitat, com el cas de Pere Galès, professor de la Universitat de Ginebra, figura màxima del protestantisme català. Menorca, sota domini britànic al segle XVIII, coneix la llibertat de cultes i, el 1733, l'anglicà valencià L. de las Torres tradueix els Evangelis al català per als menorquins. A Catalunya Nord, no és fins al 1895 que s'hi funda una església protestant integrada per autòctons, a Cotlliure.

La Reforma no va arrelar aquí més per motius culturals i polítics que religiosos. La Inquisició va perseguir la dissidència, mentre el clima mediterrani afavoria una religiositat d'exhibició pública (processons, etc.), al contrari de l'austeritat luterana, que rebutjava el culte a sants, relíquies i la Mare de Déu. I els grans textos dels reformadors no van arribar en català fins als anys 90 del segle passat, cosa que alimentava la idea que el protestantisme era una religió estrangera per a estrangers i no per a la població autòctona.

Amb el segle XIX arriba la represa protestant, excepte a Eivissa, on no arrela fins al 1977, i a Formentera, ja al segle XXI. El primer convertit és F. de P. Ruet, el 1852, missioner a Algèria entre la colònia catalanoparlant. A. Vallespinosa treu a Barcelona, el 1869, 'El Eco Protestante', primera publicació de les més de 130 aparegudes fins avui. J.B. Cabrera, anglicà, és el primer bisbe protestant autòcton, però la primera església fundada i el primer temple obert, a nivell nacional i a tot l'Estat, es deuen al menorquí F. Tudurí de la Torre, que, el 8 de novembre de 1868, instal·la una capella al carrer de Gràcia 73, a Maó. Des de llavors, el protestantisme s'estén amb la complicitat de republicans, maçons i sectors liberals. El 1863 l'enginyer anglès J.F. Latrobe ja té una capella anglicana privada, a sa Pobla. El 1869 obren centre de culte els germans, a Barcelona, i els metodistes as Castell, els presbiterians el 1870 a Barcelona i els baptistes, un any després, a Alacant.

Amb la República s'arriba a una setantena d'esglésies i una trentena d'escoles es fan presents de Llançà a Santa Pola. L'Escola Model d'Alacant excel·lirà en prestigi i, a Barcelona, l'Hospital Evangèlic serà l'únic existent al sud dels Pirineus. Però amb el franquisme (dos protestants afusellats a Mallorca, temples i escoles tancats, pastors exiliats i cultes clandestins) el protestantisme torna a les catacumbes. Dones com F. Armengol, A. Zapater, I. Adams, E. Peradejordi o N. Celma són noms destacats del protestantisme autòcton com B. Alou, P. Bonet, A. Celma, À. Cortès, A. Estruch, J. Grau, J.M. Martínez, V. Mateu, J. Pastor, J. Vallès, S. Vila o la nissaga menorquina de llinatge Capó. L'aportació més important a la nostra cultura és la primera traducció al català de 'Lo Nou Testament' (Londres, 1832) i l'any vinent farà 50 anys de l'aparició de 'Presència Evangèlica', la primera publicació protestant íntegrament en català, que continua editant-se.

A més del protestantisme històric, hi ha els adventistes del Setè Dia i les esglésies pentecostals o carismàtiques, més còmodes amb l'autodenominació d''evangèliques' i que són les que més creixen arreu, tot i que alguns sectors s'estimen més dir-se 'protestants', per diferenciar-se'n, així com l'església de Filadèlfia, bàsicament de població gitana, i altres esglésies ètniques. Les diferents denominacions disposen d'un miler de centres de culte als Països Catalans, amb prop de 400.000 creients. Són, doncs, la segona confessió religiosa en importància.