El 490 aC el grec Filípides va córrer els 40 quilòmetres que separen les ciutats de Marató i Atenes per anunciar la victòria sobre els perses, i a l’arribar, va morir exhaust. És una interpretació de la gesta del missatger grec. Una altra més ambiciosa diu que va anar fins a Esparta (246 quilòmetres). A partir d'aquesta llegenda, la marató ha arribat fins als nostres dies.
El filòleg Michel Breal va proposar a Pierre de Coubertin que bategés la cursa més llarga dels primers Jocs Olímpics moderns, que es farien el 1896 a Atenes, amb el nom de la ciutat de Marató. El corredor local Spyridon Louis en va ser el guanyador, davant de 80.000 espectadors. El premi va ser una medalla de plata (llavors considerada més valuosa que l’or) i diversos regals donats per persones prominents del moment, com una copa de plata i una peça de ceràmica del segle VI abans de Crist.
El 1960 l’etíop Abebe Bikila va aconseguir a Roma una de les victòries més mítiques de la marató olímpica, prova que va disputar amb els peus descalços. Era el primer africà que es penjava un or olímpic. Quatre anys després va repetir victòria a Tòquio i es va convertir en el primer atleta de la història que ha encadenat dues maratons olímpiques.
Primer cop que una dona s’inscriu a una marató. Kathrine Switzer va ser agredida durant la cursa i desqualificada a larribar a la meta.
El setembre del 1970 es va fer la primera edició de la Marató de Nova York a Central Park, on els 127 participants van pagar per la inscripció la quantitat d’un dòlar. Només 55 la van acabar. Gairebé 50 anys més tard, el 2018, la prova arribaria als 52.813 corredors, el rècord històric de participants arribats a meta en una marató.
El 1984 es va fer a Los Angeles la primera marató olímpica femenina, guanyada per Joan Benoit (a sota). Aprofitava el camí obert per altres dones, com Kathrine Switzer (1967).
El 13 d’octubre del 2002 la britànica Paula Radcliffe es va colar en el duel històric entre Kènia i Etiòpia i va aconseguir un rècord del món (primer va fer 2:17:18 i l’any següent 2:15:25) que retindria durant 16 anys. L’actual recordista mundial és la keniana Brigid Kosgei (2:14:04).
El dilluns 15 d’abril del 2013 dues bombes van explotar ben a prop de la línia de meta de la Marató de Boston. L’atemptat, perpetrat per Tamerlan Tsamayev (mort per la policia) i pel seu germà Dzhojar (detingut pocs dies després), va provocar tres morts i més de 200 ferits. El 2016 es va estrenar ‘Patriots Day’, pel·lícula protagonitzada per Mark Wahlberg sobre aquests fets.
L’11 d’octubre del 2019 Eliud Kipchoge va baixar de les mítiques dues hores en l’anomenat repte INEOS. El temps no es va reconèixer de manera oficial, ja que no complia les condicions exigides: un cotxe i 41 llebres li van marcar el ritme; ni el circuit ni les sabatilles estaven certificades per la federació.